木叶高层永远把内部矛盾放在重中之重。比如三代火影和五代火影总是担心团藏以及其建立的根组织。根组织是仿效火影直属部队暗部而建立的，属于秘密警察或者盖世太保之类的特务组织部门。暗部是由伟大领袖千手柱间一手创立，用来对外进行渗透，暗杀以及情报收集，顺便对内进行民意压制和处理政治对手，当年宇智波斑就是妄图控制暗部，才招致杀身之祸，而团藏前事不忘后事之师，决定自己组建特务部队妄图与中央对抗。可惜团藏过于忽视舆论的力量，没有控制住宣传部门，导致自己在舆论上被边缘化，始终无法建立起牢固的民意基础，这也导致了他未来的争位之败。木叶除了“暗部”与“根”两大特务组织之外，还建立起庞大的监督和控制体系，在硬件上，木叶在村子周围建立了木叶高墙这个军事设施，军事建筑背后往往带着浓重的政治色彩，这堵墙一方面是用来阻止敌对势力的渗透和入侵，另一方面也是防止内部敌人与外界取得联系或者外逃，最重要的是防止人民过于频繁的与外界接触，进而影响到几十年辛辛苦苦建立起来的意识形态。软件方面，木叶在教育，医疗，经济等生活的方方面面采取了从出生到死亡的一条龙式控制。每个组织，每个机构都设有点对点监督管理，从出生的医院，到成长的校园，再到工作的单位，最后到火葬场，无论睁眼闭眼，工作还是休闲都要保证处于国家机器的关注之下。并且确保每个人都习惯并且以来于这种统治方式，保证每个人都是自愿选择这种木叶特色的统治。据一位不愿透露姓名的官员所述，木叶还建立基础秘密基地，其中一处专门研究斯德哥尔摩综合症，另一处则由木叶暗部拷问部伊比喜负责。
总之，在木叶领导人的英明领导之下以及百姓纳税的支持下，木叶的内部暂时固若金汤，就连“根”也只能打着保卫木叶的旗号从事其秘密活动。而其他国家则忙于应付各国百姓越来越苛刻的要求，纷纷效仿木叶暗中建立各种组织，加强与木叶的合作与交流，暂时缓解了国与国之间的矛盾。
然而，敌人总是在你最不希望他出现的时候出现，尤其是曾经的同志。大蛇丸，这个想变男就变男，想变女就变女的东方不败式的人物，在研究禁书“葵花宝典”的时候，不幸被木叶教父三代目猿飞日斩撞破，从此浪迹天涯，东躲西藏，最后在音忍村建立起其恐怖组织基地，他的目的只有一个——摧毁木叶。但是一些怀疑论历史学家提出异议，说大蛇丸尽管在木叶被剥夺了四代火影继承权，但是作为三忍之一，三代火影最器重的弟子，他是不会这么轻易放弃这些殊荣的，他们怀疑大蛇丸是做为木叶派出去的高级间谍。但是这些历史学家都被打成了阴谋论者予以处理。
后来大蛇丸在泛木叶共荣圈联合国家公务员考试的时候发动恐怖袭击，一举干掉三代火影，但是自己也因为老火影的临死一击变成残废，无法继续摧毁木叶，最重要的是自己通过坑蒙拐骗从风之国弄来的核武器投到了木叶的外围，并且受到了四代目火影之子，木叶指定火影继承人漩涡鸣人的压制，导致爆炸失败。从此木叶前国家高层领导人大蛇丸同志走向了没落之路，而备受木叶高层关注的官二代漩涡鸣人正式登上历史的舞台。
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