在联盟军誓师大会上，木叶代表在宣布纲手复出之后，不失时机的向各国忍者宣传木叶的火之意志和科学发展观，并且四个字四个字的连续喊出十八句口号。最后在各国代表的强烈抗议之下从容结尾，并感谢各级领导。自此一场异常惨烈并旷日持久的战争拉开了序幕。
联盟方面，由于各国长期的局部战争，军队保持了完整的配置，再加上各国智囊的筹划，根据所得的情报将军队进行了专业的配置，并且制定了详细的作战计划。所以联盟军在战争的开始，取得了阶段性胜利，大大鼓舞了士气。但是晓组织随即发动了战略大反攻，联盟军在对方科学化和亡灵化的部队面前损失惨重，节节败退。联盟军迅速根据战场形式调整部署，终于站稳脚跟，战争进入胶着状态。
战争双方各自展示其先进武器，就连传说中的太上老君的神器都投入战场，可见战争进入白热化阶段。不过联盟明显处于被动状态，因为晓组织总是奇招迭出，联盟总是被动应对，并且十分吃力，但是每每总能过关。
处于强者地位的宇智波斑对于持久战没有丝毫兴趣，他决定带着终极武器亲自投入战斗，尽早结束这场战争，而大蛇兜也决定掷出杀手锏以抢夺胜利果实，就连刚刚出关的宇智波佐助也加入了战场。此时漩涡鸣人和奇拉比也正式出关，带着新式武器投入战团。战争进去后半段，捉对厮杀阶段。从某种意义上说，并非完全是捉对，事实是秽土斑独挑五大派掌门，面具斑独挑两大人力柱，而大蛇兜这边独战宇智波兄弟，宇智波的人总是扮演着关键角色。
最后经过连番苦斗，联盟军终于取得了战争的胜利，据历史学家判断，这次胜利标志着人类进入一个新的纪元，不仅促进了各国的交流与合作，也为世界争取了至少六十年的和平，各过可以从容推进社会改革，推动人类文明进步。
鉴于漩涡鸣人在战争中起到的关键性作用，纲手决定将火影之位传语鸣人，从而成为了第一个没有死在岗位上的国家领导人，而鸣人也在改革派的大力支持下推进了木叶的民主进程，使火之国成为享誉世界的大国。
最后鸣人终于完成了自来也，长门乃至宇智波鼬的意愿，成功消除了战争，为世界赢得了和平，联合国组织决定授予鸣人联合国和平奖
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