二人在城内客栈赌坊救下富家公子刘晋元,逍遥与其结为兄弟,三人在客栈中相伴而饮。次晨,逍遥送走刘晋元,带灵儿同逛苏州城。刚出客栈大门,二人便遇一算命仙。算命仙指逍遥会走桃花运,赞灵儿 “瑶光聚顶,灵气逼人。在朝必为帝后,在野亦为人杰”,但近日恐有劫难。逍遥大怒,拒不付钱,拉着灵儿走开。逛至一杂货摊前,逍遥见一支银钗和灵儿很是相配,执意买下送给灵儿,灵儿娇羞不已。二人途经林家堡,见一众人瞧热闹,得知林家大小姐正在比武招亲,也凑了上去。刚巧在人群中遇到刘晋元,才知林家小姐是他表妹。林小姐无意中认出逍遥,逍遥也认出她是昨日的刁蛮千金。为了化解误会,逍遥答应上台比试,若能比武得胜,先前的误会就一笔勾销。李逍遥再次将林月如打败,结果成了林家的乘龙快婿。林月如之父、南武林盟主林天南对逍遥大为赞许,执意招逍遥为婿。灵儿见逍遥未将自己当作妻子,黯然神伤,表示可以一个人回南诏,逍遥执意不允。
逍遥往西厢房找灵儿。灵儿脸色苍白,满怀心事,欲言又止,逍遥大为关切,嘱她早点休息,明日再带她逛苏州城。逍遥找到月如欲说清比武招亲之事,无奈月如已认定这门亲事。正当林天南请相士为李、林二人合八字时,灵儿因日间强行使用还魂咒,且有了身孕,现出人首蛇身之原形,被林家丫环冬梅瞧见,误以为蛇妖,林家堡顿时乱作一团。逍遥忧心灵儿,不顾一切闯入房中,林月如尾随其后。逍遥不知眼前的半人蛇便是灵儿,举剑相向,幸好得月如及时劝阻。灵儿凝望二人半晌,撞破墙壁逃开,奔至白河村外的树林,因体力不支昏倒。
同时,林家人说灵儿是蛇妖,逍遥大怒,以为灵儿被蛇妖抓去,发誓不找到灵儿不回来,独自追出。月如不顾林天南反对,追随而去,以兄妹相称。二人追至隐龙窟,洞中的蛇妖男和狐妖女矢口否认抓过灵儿,逍遥怒不可遏,狂性大发,和月如连手杀死二妖,顺便救出被困于洞中的一众女子。
次晨,白河村韩医仙之女韩梦慈外出采药,发现昏迷在路边的灵儿,将她带回医馆。韩医仙发现灵儿怀了身孕,灵儿醒后,对韩医仙大致诉说了自己的遭遇。不久,逍遥和月如来到医馆,欲请身为村长的韩医仙放行,以便继续找寻灵儿,却发现昏迷在床,不愿见他们的灵儿。韩医仙依灵儿之意瞒住怀孕一事,托逍遥和月如收集药材给灵儿“补身子”(实是安胎)。韩医仙劝灵儿告诉逍遥真相,说李少侠不是薄情之人。灵儿欲卸下逍遥的重任,不愿说出真相。
逍遥和月如收集药材归来,将六神汤喂灵儿服下。恰逢附近闹僵尸,处处是受伤村民,灵儿欲留下以仙术帮忙救治病人,藉以离开逍遥。逍遥不允,认为应除掉元凶。三人受韩医仙父女指示,前往对岸的玉佛寺求方丈智修大师下山收服尸妖,却发现智修迫人出家的秘密。三人击败智修,方知一切都是玉佛珠化身的小和尚智泽变出来的。智泽经灵儿点化,方悟到过去所为的荒唐,愿此后以原形追随灵儿。灵儿为其取名小石头,并配戴上玉佛珠,三人动身往黑水镇将军冢除灭元凶赤鬼王。 执手相看,无语凝噎。
玉佛珠驱散了墓穴口的阴气,三人深入将军冢底层,打败僵尸王,继而落入血池。血池尽头,元凶赤鬼王亦被消灭,三人意外得到失落多年的土灵珠,灵儿见此物,心知已到了自己肩负女娲族使命的时刻了。
三人回白河村报喜,却得知韩梦慈被黑苗人抓走,藉以要挟灵儿往鬼阴山赴会。鬼阴坛内,南诏忠臣石长老出现,要灵儿随他回南诏见巫王最后一面,并继承南诏王位。其间石长老动武,三人不敌,先后被打晕。不一会儿,灵儿苏醒,见逍遥和月如已被囚于笼中,昏迷不醒。为保二人性命,灵儿答应随石长老回南诏。 被赶来的韩医仙救醒,得知灵儿此举,发誓定要将她找回,随即动身继续追寻。
逍遥和月如一行途径长安郊外山脚的扬州追至此处,被大理将军盖罗娇设计迷晕,欲诱灵儿随其去大理,以挟持巫王。双方为争夺灵儿大肆拼杀,南诏士兵不敌,只剩石长老苦战。最终,石长老使出赤血毒引爆自身,重伤白苗众人。蜀山仙剑派掌门独孤剑圣路过此处,见满地鲜血尸体,误将灵儿当作行凶的妖孽,飞剑伤灵儿,将她抓去蜀山,投入五百年来专门禁锢穷凶极恶之妖魔的锁妖塔。负责护塔的镇狱明王发现灵儿体内潜藏的无穷力量,大为吃惊,又见她不畏化妖池水,于是将灵儿以巨链捆锁于塔底最大的剑柱之最高点。灵儿身怀有孕不堪折磨,失去人形。当她已经快要绝望的时候,一路寻至蜀山派的逍遥得知灵儿被囚塔中,不顾众人的反对和劝阻,执意犯险入塔救灵儿出来。月如决意陪同。
锁妖塔底,逍遥终于再见到灵儿,但印入眼帘的竟是人首蛇身的“蛇妖女”,无法接受这个事实。大受打击之际,由于逍遥对灵儿的深情,忘忧散失效,逍遥立刻记起和灵儿在仙灵岛上共缔鸳盟的点点滴滴,痛悔自己伤灵儿太深,不介意人“妖”之别,纵身斩断锁链,救下灵儿。面对镇狱明王的逼迫和污蔑,灵儿说出女娲后裔真正身份,体内潜藏的力量觉醒,三人连手击败镇狱明王。众妖见状,皆以灵儿马首是瞻,共商出塔之法。在灵儿的调解之下,三人得书中仙指示,打断化妖池底支撑锁妖塔的七根七星盘龙柱,锁妖塔崩,众妖得以脱身。然其间月如却被崩落的巨石砸死……
塔崩之际,剑圣回心转意,危急中救出三人,送往苗疆灵山圣姑处治伤。灵儿身受重创,难以复原,昏迷不醒。后逍遥苏醒,得知灵儿怀孕之事和月如死讯,伏在月如身旁黯然落泪深深自责。整装之后,立刻动身为灵儿找寻仙药金翅凤凰蛋壳和火眼麒麟角,其间结识白苗族长南蛮王之女阿奴。逍遥和阿奴得麒麟老人指示,前往大理女娲神庙,逍遥被青儿的幽魂招入神像,逍遥向青儿表示灵儿是自己的妻子,自己对灵儿的爱天地可鉴。青儿欣慰,施展回魂仙梦将逍遥送回十年前,助小灵儿脱险,帮青儿脱困,见证了当年灵儿所不知的一系列变故,并寻回早年被父母李三思夫妇偷去的水灵珠回到现实。回来时,发现时间早已过了一个月。逍遥心忧灵儿,忙和阿奴赶回圣姑家中。