野外探索是《小小忍者》独创的系统之一，玩家在野外场景中不仅仅只是打怪做任务，也能在场景中发现可探索的区域。当点击可探索的区域时，会触发不同的事件，玩家可以通过这些事件获得装备、道具、宠物、石子、经验袋和密匙等物品，大大增加了场景使用率，让玩家在野外打怪过程中不再感觉枯燥。
当玩家进入任何一个野外场景，找到该场景的探索区域，点击此区域即可进入探索界面。点击探索一下按钮，即可进入翻牌探索。探索完毕后，有5分钟的冷却时间，冷却时间结束后，方可再次探索。玩家也可以通过立即刷新功能，花费少量金子获得立刻探索的机会。同时，玩家每天拥有一定的探索次数，所有探索次数用完后，若要继续探索，则需要花费金子进行购买。等于越高，每天可探索次数越多。
每次探索触发成功后，会按照百分比累计一个区域的完成度，当该区域的完成度达到100%后，完成度归零，并按照一定概率给予奖励。同时，每个区域探索成功后累计的完成度各不相同。
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