南宋理宗年间。这是蒙古大军随时可能挥师南下，再启战端的岁月，而江南，是大宋百姓最后的避难之乡。

　　浙江嘉兴。住在破窑里的流浪儿杨过，目睹了一场血腥的灭门惨祸。前来制止一切的大侠郭靖夫妇来晚一步，却意外发现躲在旁边的杨过就是结拜兄弟杨康的遗腹子，于是将他带回桃花岛。可是，因为杨康在世时背叛自己的血脉种族，一心想做金国小王爷，还企图加害郭靖黄蓉，所以黄蓉决心只教杨过文才而不授武功，免得他日后如杨康一般为害天下。天性敏感的杨过，也自然就与这个大侠家庭离心离德。随后，他结识了曾在华山论剑中独步天下的西域枭雄欧阳锋，拜他做了义父，学得武功，还出其不意的击伤了一直羞辱自己的玩伴武修文，结果，一直希望他成为谦谦君子的郭靖，只能送他去全真教派的重阳宫学艺。

　　重阳宫戒律森严，杨过性情愈加偏激，竟然违反戒律，私入山后古墓，在那里遇见了孤单度日的古墓派传人小龙女。因为生父是杨康的缘故，全真教的师父赵志敬等人也不肯教授武功给杨过，杨过一怒反出师门，改投古墓派，小龙女为了保护他，毫不犹豫地对抗着整个重阳宫。年轻的掌门人甄志丙，避免了更深的对抗，也在自己心里埋下了对小龙女的爱恋。

　　小龙女以寒玉床修炼杨过内功，以天罗地网来修炼杨过身手，杨过武功日进。小龙女的师姐李莫愁挟嫌进犯，杨过小龙女联手抗敌，终生情愫。后来李莫愁下毒迷倒了小龙女，犯禁醉酒的全真掌门甄志丙利用这个机会，强暴了自己的心上人。小龙女失贞后迅速意识到那个人不是自己心底牵挂的杨过，绝望出走。

　　杨过为了寻找小龙女，也是第一次踏上江湖路，并与李莫愁的弃徒陆无双共患难，使她爱上了他。随后在华山绝顶的风雪中，杨过孤身一人见到了神志依旧混沌的义父欧阳锋，还有义父一生的对头，丐帮帮主洪七公。这二人一个北丐一个西毒，在华山比拼到生命衰竭，最后一刻终于将恩仇看成了云烟。这也让小小年纪的杨过，自觉看破了红尘沧桑，变得更加玩世不恭。

　　郭靖黄蓉召集天下英雄，会盟对抗蒙古大军，蒙古国师金轮法王率徒弟登门挑衅，群雄束手，真正打败法王的，却是在大会上刚刚重逢的杨过和小龙女。他们马上被奉为救星，郭靖还当众宣布将独生女郭芙许配杨过。杨过坦言自己要娶的是自己的师父小龙女，这种违反礼教伦常的表白，又激怒了天下豪杰，杨过小龙女从救星沦为罪人。赵志敬趁机翻出杨康的旧帐，逼杨过与亡父杨康决裂，杨过大怒，打伤赵志敬，从此遭到天下英雄的追杀，自己也与小龙女失散。

　　杨过在迷狂和孤愤中穿山越涧，意外受伤，被程英姑娘所救，程英的师父黄药师正是黄蓉的父亲。杨过唐突地要求亲吻程英的眼睛，因为那眼睛让他想起了小龙女，对杨过情苗暗茁的程英，在第一时间就明白了自己的相思何等无望。

　　杨过落入追踪而来的金轮法王之手，但是双方已经淡了敌意，一个将家国大义索性抛到脑后，另一个一心想的是延揽人才，辅助蒙古。在法王的引见下，杨过来到蒙古军营，见到了雄才大略的四王子忽必烈，这个未来欧亚两洲的统治者。忽必烈点破杨康的死与郭靖黄蓉深深相关，杨过信了，决心回襄阳去找郭靖夫妇报仇。

　　游戏风尘的老顽童周伯通在去襄阳的路上认识了杨过，辈分有别的两人兴之所至，险些结为兄弟。但是杨过得知周伯通已经在二十年前与郭靖结拜过，毅然打消了念头。

　　襄阳城里，小龙女为了找寻杨过，已经落在群雄手中，黄蓉甚至为她的单纯与痴情打动。杨过出现，成为众矢之的，周伯通大力为他撑腰，不许任何人伤害杨过兄弟，拉着郭靖三人痛饮。杨过想在酒后寻机刺杀郭靖，最后还是没有下手。结果一念之仁反而生出祸患，他被娇纵的郭芙姑娘砍断了一只手臂!

　　小龙女因为误解，在杨过之前离开了襄阳城。这一对苦命的师徒爱侣，重新失散在茫茫江湖路上。杨过心境颓唐，结果遇到通晓人性的神雕，开始练习前世剑魔留下的神奇武功。

　　当杨过重现江湖之际，金轮法王发掘出了与郭靖黄蓉有杀兄之仇的绝情谷主裘千尺。杨过得知小龙女失陷绝情谷，前去营救，结果上了裘千尺的当，与小龙女一起中了情花之毒，命在不测。裘千尺以解药相要挟，要杨过再去襄阳城刺杀郭靖黄蓉——杨过上一次不肯为了父仇为了恨去杀人，现在他会不会因为爱，因为小龙女命在旦夕而去下这个手?

　　再履襄阳城，杨过还是没有下毒手，反而在金轮法王等高手压境的时候，救下了刚刚出生的郭襄，郭靖黄蓉的第二个孩子。随后，杨过和小龙女决心依照天命，回到古墓中去寻找彼此的归宿。

　　这时，赵志敬已经投奔蒙古人，陷害师叔周伯通，还图谋霸占掌门之位，归顺投敌。杨过和小龙女摧毁了这罪恶的图谋，甄志丙满怀对小龙女的忏悔，对阵中为掩护她而丧命。

　　外患一除，内患马上出现，杨过与小龙女本不顾忌世俗礼法，此刻更是要在生命的最后瞬间，公然在重阳宫里成亲，面对所有反对师徒成亲的卫道豪杰。重阳宫是喜堂，两人初识的古墓才是他们选择的洞房。结果，寒玉床对他们伤势的匡救，让他们重萌一线生机。

　　可是，就当他们潜心练功疗伤的关键时刻，郭芙再次出现，莽撞的伤及小龙女，使她再难痊愈。杨过内心创痛，再无生念，而小龙女订下十六年之约，哄杨过痴心等待，自己悄悄跳下了终南山的万丈悬崖。

　　杨过拒绝了黄蓉的道歉及挽留，黯然携雕离去，他要在江湖上漫游十六年，等待心上人的归来。

　　十六年悄然流逝，傲视天下的少年郎，如今成了名满天下的神雕大侠。但是他也造成了郭靖黄蓉终生的内疚，在这个家庭里，不许提到杨过的名字。两度断送了杨过幸福的郭芙大小姐，已经订下一桩美好的姻缘，就是当年被杨过打伤的武修文。

　　少女郭襄误入万兽山庄，被群兽所困，一个戴着面具的神秘男子解救了她，还顺手解救了陷入危机的山庄主人。郭襄被他举重若轻的风范迷醉，芳心暗许，而这位神秘男子就是杨过，他得知郭襄的身份之后，有意回避再与她见面。

　　一桩杀子深仇，横亘在生命垂危的苦行僧慈恩以及黑沼中隐居的老妇人瑛姑之间。杨过帮助他们化解了仇恨，让慈恩瞑目逝去，同时向无限崇拜的郭襄坦承，其实自己做不到恩仇俱泯，自己还活在从前的猜疑和怨愤中。

　　郭襄回到家中，父母在操心襄阳城的防守，因为蒙古大军已经临境，而且此回领军的就是蒙古大汗蒙哥他自己。没有人关心郭襄的十六岁生日即将来临，最后，是她的大哥哥神雕侠为她精心准备了礼物，那礼物其实又是歼击蒙古前哨人马的大功劳，包括挫败金轮法王的弟子霍都秘密接管丐帮的计划。郭靖黄蓉希望能留住杨过一同在襄阳为国效力，可是，十六年约期已至，谁也不能阻挡住杨过直奔终南山的步伐。

　　在襄阳城外，杨过解救了郭靖最初的师父，耿直的盲侠柯镇恶，从老人的嘴里知道了杨康毙命的真相，才知道这笔帐根本不能算在郭靖黄蓉身上。与此同时，郭襄被金轮法王劫持。法王本来劫持郭襄是为了要挟郭靖，可是郭襄资质的聪颖，让他终于下定决心，强行收她为徒。

　　十六年到了，相见之日，杨过从黎明等到第二个黎明。他明白一切已经化成泡影，伤痛之下，纵身跃下深谷。有情人，天不负，杨过与小龙女居然在谷底寒潭团圆。

　　郭襄不肯认法王做师父，可是法王真心想把一生武学授与她。师徒关系尚未进展，蒙古军与襄阳守军的大决战开始发动了。

　　一向独往独来的黄药师老人，此刻成为襄阳守军指挥者，他将自己在桃花岛上摸索出来的战阵，应用在这最后的决战中。

　　金轮法王虽然将郭襄绑上刁斗，准备郭靖若不接受要挟就杀害郭襄，以乱大宋军心。可是，最后真的举火那一刻，他却不由自主的投入了解救郭襄的行列，最后，自己葬身火海，换得郭襄平安。而这场襄阳大战真正的结局，就是蒙哥大汗被杨过用石子掷死，蒙古军挂丧而退。

　　保卫大宋江山的奋斗暂告一段落，大家重新成为江湖人，来到华山上感怀从前的论剑往事。杨过向郭靖承认，自己今天才知道什么是为国为民，侠之大者。

　　邪而不魔，狂狷一生的杨过，终于成全了自己，锻造了自己。

　　故事里神雕侠侣的爱情

　　羡杀了多少双有情人的眼睛

　　十六年的隐姓埋名

　　十六年的孤苦伶仃

　　只为重逢那一刻的安宁

　　还记得年少时那床寒冰

　　还记得活死人墓中那杯苦茗

　　麻雀的啼鸣

　　练剑的艰辛

　　都在记忆中深铭

　　襄阳城下那个孤独的身影

　　华山之颠一个人看星星

　　手执玄铁剑一炳

　　反复呼喊一个声音

　　为了姑姑过儿愿意付出生命

　　思念的终点毕竟不是灰烬

　　对爱的执着融化了世俗偏见的心灵

　　断肠崖下看见那个熟悉的白色背影

　　又可以静静聆听她的声音